لأغراض إدارة وقفية الجامعة الأردنية، فإن الجامعة تتبني سياسة الشفافية والحوكمة الرشيدة في التعامل مع التبرعات وتوجيهها للأغراض المحددة لها من خلال مجلس أمناء يتكون من عدد من الشخصيات. الأردنية الهامة، وذلك لضمان العمل بالإطار المحدد لها.
ويعد مكتب الوقفيات الذراع التنفيذي للوقفية والذي يقوم بالعمل على الأنشطة الخاصة بالوقفية على إختلافها.